W trakcie prowadzenie procesu inwestycyjnego (a więc samej budowy), bardzo często dochodzi do sytuacji w której musi dość do formalnej zmiany pozwolenia na budowę. Sytuacje takie spowodowane są albo zmianą zamiaru inwestora, co do planowanej inwestycji albo czynnikami technicznymi, które wymuszają zmianę projektu budowlanego. Nowa decyzja jest wymagana w sytuacji gdy zmiany obejmują tzw. istotne odstępstwa od projektu budowlanego. Ustawa Prawo budowlane wskazuje że istotnym odstępstwem  od projektu budowlanego nie jest zmiana wysokości, szerokości lub długości obiektu budowlanego niebędącego obiektem liniowym, jeżeli odstąpienie łącznie spełnia między innymi następujące warunki:

1. nie przekracza 2% wysokości, szerokości lub długości obiektu budowlanego określonych w projekcie budowlanym;
2. nie zwiększa obszaru oddziaływania obiektu;
3. nie narusza przepisów techniczno-budowlanych.

W praktyce o istotności odstępstwa od projektu budowlanego decyduje projektant i to on powinien wskazać czy niezbędne uzyskanie zamiennego pozwolenia na budowę.

Istotne jest, że w przypadku gdy zmiana pozwolenia na budowę wychodzi poza zakres wydanych wcześniejszych pozwoleń (decyzji środowiskowej, decyzji o warunkach zabudowy itp.), należy uzyskać nowe. Czyli jeżeli zmiana pozwolenia na budowę wychodzi poza zakres inwestycji objętej decyzją o warunkach zabudowy należy uzyskać nową decyzję o warunkach zabudowy, a następnie na tej podstawie zamienne pozwolenie na budowę.

Po uzyskaniu zamiennego pozwolenia na budowę (nowej decyzji), inwestor powinien się legitymować dwoma decyzjami. Pierwotną i decyzją zamienną. Pierwotne pozwolenie na budowę nie jest wycofane z obrotu prawnego. Zatwierdzony zostaje jednak zamienny projekt budowlany.

Wnioski o uzyskanie decyzji o zmianie  pozwolenia na budowę składa się do organu który wydał pierwotnie pozwolenie na budowę:

Przykładowo:

Dla inwestycji prowadzonych na terenie powiatu krakowskiego:

Wydział Architektury i Urbanistyki Urzędu Miasta Krakowa

Mogilska 41, 31-545 Kraków

Dla inwestycji prowadzonych na terenie powiatu myślenickiego:

Starostwo Powiatowe w Myślenicach

Mikołaja Reja 13

32-400 Myślenice

Dla inwestycji prowadzonych na terenie powiatu wielickiego:

Starostwo Powiatowe w Wieliczce

Słowackiego 29

32-020 Wieliczka